新版《事业单位财务规则》共分12章、68条，从预算管理、收入管理、支出管理、结转和结余管理、专用基金管理、资产管理、负债管理、事业单位清算等方面，使事业单位财务管理制度更简明，财务管理内容更准确，强化财务管理措施，并严格财务管理权限，使事业单位的财务管理向更科学、更合理的方面发展。新版财务规则有以下创新：引入了权责发生制原则。实行政府采购和国库集中支付制度后，事业单位既要接受财政部门对预算资金的价值管理，也要对自身预算资金的价值与实物双重管理，而价值管理与实物管理往往存在一定的时间差异性，采取收付实现制的核算方法，造成会计事项的不配比。

随着财政部门预算、国库集中支付、政府采购改革的不断深化，事业单位在资金使用方面日益注重绩效考核，因此，新版财务规则在事业单位财务核算中引入权责发生制，按照实质重于形式的原则，收付实现制与权责发生制并用，则可以真实地反映单位的资产和负债，有助于更好地加强财务管理，如实反映单位的业务收支及结余情况，有助于准确地进行成本核算，考核业务成果、制定收费标准、筹划资金来源、进行经营决策，反映单位的资金运行全貌，有利于对事业单位资金使用情况进行综合评比。

固定资产确认与后续计量有了历史性突破。现行事业单位财务规则规定“固定资产”与“固定基金”存在对等关系，以固定资产账面原值核算固定基金，这使得事业单位的净资产不能反映资产的实际价值状况；同时也虚增了成本和虚减了结余。新版财务规则规定，“事业收入和经营收入较少的事业单位可以不提取修购基金，实行固定资产折旧的事业单位不提取修购基金”。这与现行财务规则相比有了历史性的转折，应该说在事业单位中固定资产及折旧确认与计量问题上，相关部门开始考虑和引用企业会计固定资产计提折旧的基本做法，使固定资产价值管理与实物管理不再背离，并使其向市场化的方向更进一步。

严格了投资管理。新版财务规则明确规定，在保证单位正常运转和事业发展的前提下，按照国家有关规定可以对外投资的，应当履行相关审批程序。事业单位不得使用财政拨款及其结余进行对外投资，不得从事股票、期货、基金、企业债券等投资，国家另有规定的除外。财政部门、主管部门应加强对事业单位对外投资的日常监督和专项检查。这就规范了事业单位对外投资行为，提高资产使用效益，防止国有资产流失，财务分析多元化。新版财务规则新增了预算收入和支出完成率分析，用于衡量事业单位收入和支出总预算及分项预算完成的程度；还新增了资产负债率指标分析，衡量事业单位利用债权人提供资金开展业务活动的能力，反映债权人提供资金的保障程度。新增的财务分析指标丰富了财务分析内容，较、完整地披露了事业单位重要经济活动如科研、政府采购、基本建设等绩效目标、效果、影响和管理等方面的重大会计信息，在一定程度上遏制了容易造成公共财政重大投入（支出）管理目标不明、责任不清、效率不高、浪费严重甚至官僚主义等后果。